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文公一生，集注诸经，订定周程张司马诸书，文集语录，又各数百卷，广博浩繁，固未易得其要领。简要言之，则不外主敬、穷理、反躬三者，主敬以定其本，穷理以致其知，反躬以践其实。
主敬、穷理、反躬言之虽若三事，实则一而已矣。致知不以敬，则昏且纷，知何由致？躬行不以敬，则怠且肆，行岂有当哉？故敬者，圣学成始成终之要。程子终身服膺“君子庄敬日强，安肆日偷”二语（《礼记》文），良有以也。
文公尝曰：“盖天地皆物也，有是物必有是当然之则，是上帝所降之衷，生民所秉之彝也。近取之身，则心之为物，其体有仁义礼智之性，其用有恻隐、羞恶、恭敬、是非之性，浑然在中，随感而应，有则而不可乱也，所当格也。身之为物，有口鼻耳目四肢之用，有亲爱、贱恶、畏敬、哀矜之施，有君臣、父子、夫妇、长幼、朋友之伦，有则而不容己也，所当格也。外而观于人，则人之理，不异于己也。远而察乎物，则物之理，不异于人也。极其大，则天地之运，古今之变不能外。尽于小，则一尘之微，一息之顷，不能遗也。是所谓降衷秉彝，有物有则者也。学之为道，必存此心于齐庄静一之中，穷此理于学问思辨之际，自身心性情以达于人伦日用。由天地鬼神以极于草木鸟兽，皆有以见其当然而不容已，与其所以然而不可易，而反之于身，以践其实焉。此学所以析之极其精而不乱，合之尽其大而无余也。”此见文公《格物论》中。其造诣之精，示教之切，悉具于学者循其说而求之则得矣。
文公聚徒讲学之室，曰寒泉精舍，曰武夷精舍。公常泛舟涧溪，成《武夷棹歌》十首，以明性道，门人陈普（字惧齐）为之注。
宋儒之为学也，其初亦尝求之外道。及其既也，则用其方法，而不堕其理障，是可谓善学者也。如周子《太极图》，得之于陈抟，本道家之精微，而宋儒以之悟《易》。静坐之法，倡于释氏，而程子以此为入门工夫。他如“语录”“公案”“观心”等语，亦皆释子家言，而朱子亦公然用之。
文公平居，终日俨肃，如对神明，行舒而恭，坐端而直。日未明辄起，深衣幅巾方履，拜家庙及先圣。退坐一室，几案必正。寒暑造次，未之或间。家庭之内，斩斩如也，怡怡如也。自奉甚约，而奉觞荐俎，曲尽诚敬。其教人规模广大，而科级辨严，不容凌躐以进。虽疾病支离，而讲论率至于午夜。
韩侂胄当国，斥理学为伪学，禁其说，锢其人。文公与诸生讲学不辍，有请谢遣生徒者，文公笑而不答。有以书谏者，文公曰：“放流窜殛，久置度外。诸生远来，无可遣去之理。朝廷必有行遗，亦须符到奉行。若仰人鼻息为舒惨，则方寸之间长戚戚矣。”
朱熹的一生，对各种经书进行注解，修正校定周敦颐、程颢、程颐、张载、司马光等人的著作，他自己的文集和语录又分别有数百卷，博大繁多，固然不容易得到其关键要领。简单扼要的说，则不超过主敬、穷理、反躬三个方面，主敬是确立其根本，穷理是达到完善的理解，反躬是将所学融入实践。
主敬、穷理、反躬，说起来好像是三件事，但实际上只有一件而已。致知不依靠诚敬，则容易昏聩困惑而且杂乱无章，智慧怎么可以获得呢？躬行不依靠诚敬，则容易怠惰而且放纵任意，行为怎么可能恰当呢？因此诚敬这件事，是圣贤之学一以贯之的关键。程颢一生衷心信奉“君子庄敬日强，安肆日偷”这两句话（出自《礼记·表记》，意思为君子能够时刻庄重恭敬，就会日渐长进，倘若安逸放纵，就会日趋苟且）是有原因的。
朱熹曾说：“天地都是物，有这样的物也就必然有这样理所当然的规则，这是上天所施降的福泽、百姓所持执的常道。以身边的事作为例子，心作为物，其最根本的是仁义礼智的特点，其外在表现出来的是恻隐、羞恶、恭敬是非的特点，全然存在其中，随着感觉而有所反应，有规则就不会任意随便，这是应当要穷究的。身作为物，有口、鼻、耳、目四肢可以使用，有亲爱、贱恶、畏敬、哀矜的行为，有君臣、父子、夫妇、长幼、朋友的伦常纲纪，有规则而不能控制自己，这是应当要穷究的。对外观察别人，别人适用的道理跟自己的没有区别，再远一些观察物，物中蕴含的道理跟人的道理没有区别，将规则放大到极致，那么天地运动、古今变化也不能超乎其外。将规则缩小到极致，那么一粒微小的尘土、一次短暂的呼吸，都不会被遗漏。所谓上天赋予的人伦常道，就是事物的运行法则。学者追求道，必须要在严肃诚敬、镇定专一时存有这种心思。在学习追究思考分辨时推究这个道理，从身体、精神、性格、情感各个方面，以通达于人际关系的日常应用上。从天地鬼神推广到草木鸟兽，都要从中看到不受人为意志左右的当然之理，和为什么会这样的不可更易的道理，然后再回到自己身上，以践行其中的实质。这种学习方法，可以做到把学问分开到极为精细也不会杂乱，合到一起不管多大也不会有所遗漏。”这段文章出自朱熹的《格物论》，其学问程度的精深、显示教化的深切，全都表现在学习之人只要按照朱熹的学说去探寻，就一定会学有所得。
朱熹聚集弟子讲学的地方，一个叫寒泉精舍，一个叫武夷精舍。他经常在涧溪上乘船泛行，写了《武夷棹歌》十首，来阐明人性与天道，门人陈普（字惧齐）为其做过注解。
宋代儒学家做学问，开始的时候也借助于别的理论。等到学成后，就只使用外道的方法，而不陷入外道迷惑真知真见，这可以算是善于学习的人。比如周敦颐的《太极图》，是从陈抟那里得到的，本来是道家的精深微妙之学，但是宋代儒学家将它拿来参悟《易经》。静坐作为修养身心的方法，本来是起源于佛家，但是程颢将它作为进入学习门径的工夫。其他的像语录、公案、观心等内容，也都是佛家的语言，然而朱熹也毫无掩饰地使用。
朱熹平时在生活中，整天都很严肃，如同面对着神明，行为舒缓而恭敬，坐姿端正而直挺。天还没有亮就起床，穿着上衣和下裳连一起的深衣，用帛巾束首，脚穿方履，然后拜祭家中祖庙和孔圣。回到房间坐着时，桌子必须摆正。无论冬夏忙闲，没有一次间断过。家庭中也是整整齐齐、和顺安适。自己遵守规矩特别严格，祭祀时举杯敬酒、进献祭器的时候，竭尽做到诚恳恭敬。他教育的人数非常多，按照学习程度置办行装，不允许超出寻常顺序进学。即使生病憔悴衰弱，讲学时仍然带头坚持到半夜。
韩侂胄掌权时斥责理学是伪学，禁止理学学说，禁闭研究理学的人。朱熹跟学生仍然不停止研习学问。有人劝说他遣散学生，朱熹笑着没有回答。有人写书信劝谏他，朱熹回复说：“被流放和杀戮，我很久就不放在心上了。学生从远道而来，没有遣回他们的道理。朝廷一定要让我舍弃他们，也必须要等到命令下来以后再遵照执行。如果总依赖别人来决定自己的好坏，那么心中就会时常忧惧啊。”