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奥利弗·克伦威尔加入军队一方。他希望这样能防止出现无政府状态和爆发内战。如果长老派领袖允许苏格兰军队进入英格兰镇压独立派军队，战争将不可避免。除非独立派军队受到强有力的控制，否则无政府状态同样不可避免。如果奥利弗·克伦威尔保持被动，叛乱就会变成军事革命，届时独立派和长老会之间会爆发血腥冲突。要阻止情况恶化，奥利弗·克伦威尔只能立即采取行动。现在尝试调解已经太迟，因为不管奥利弗·克伦威尔是否支持，鼓动者们都决心采取行动。他们告诉奥利弗·克伦威尔：“如果您不立即来领导军队，军队将自行采取行动。”
一下定决心，奥利弗·克伦威尔就迅速果断地行动起来。查理一世是局势的关键，对双方来说，谁控制住查理一世，谁就稳操胜券。长老派的计划想要成功，查理一世的配合必不可少。在长老派与查理一世达成协议之前，苏格兰人不会越过边界，英格兰保王派不会支持他，伦敦市民也不会参战。在霍尔姆比城堡，查理一世由格拉夫斯上校率领的兵团守卫。格拉夫斯上校是虔诚的长老会教徒，听从议会任命的四位长老派委员的指挥。危险的是，格拉夫斯上校可能会自行决定或是奉长老派委员之命，将查理一世转移到苏格兰或者伦敦。
1647年5月31日，奥利弗·克伦威尔命令托马斯·费尔法克斯爵士的卫队军官科内特·乔伊斯带领一队骑兵前往霍尔姆比城堡阻止查理一世离开。1647年6月2日，科内特·乔伊斯于午夜时分抵达霍尔姆比城堡，在城堡周围布置人马。第二天早晨，国王卫队的骑兵打开大门，迎接科内特·乔伊斯的士兵。格拉夫斯上校只身潜逃，而查理一世和委员们落入科内特·乔伊斯手中。奥利弗·克伦威尔没有下令转移查理一世，但第二天有传言说格拉夫斯上校将带着大队兵力回来夺取查理一世。于是，科内特·乔伊斯敦促部下将查理一世转移到军队中某个安全的地方。他们让查理一世选择地点，查理一世选择了纽马克特。1647年6月4日星期五，他们离开霍尔姆比城堡，当天晚上，科内特·乔伊斯和查理一世抵达欣钦布鲁克。1647年6月5日星期六，科内特·乔伊斯在行军途中遇到了爱德华·威利少校。爱德华·威利少校是托马斯·费尔法克斯爵士派去指挥国王卫队的，奉命亲自护送查理一世回到霍尔姆比城堡。但查理一世视霍尔姆比城堡为监狱，拒绝回去，坚持要去纽马克特。纽马克特这时是军队总部所在。
科内特·乔伊斯
同一周的星期五和星期六，奥利弗·克伦威尔从伦敦赶到纽马克特附近的肯特福德荒原，参加在这里举行的陆军大会。在大会上，士兵们递交了一份声明，详细陈述了他们的不满情绪。所有官兵都庄严宣誓，在权利得到保障之前，拒绝解散和分裂。他们成立了军事议会。除了将军军官，每个兵团另外各选出两名军官和两名士兵作为议会成员。军事议会将代表士兵与议会谈判并代表军队处理政治事务。这个尝试十分危险。但如果要控制鼓动者，唯一的办法就是限制军事议会代表的职能，诱导他们与所在部队军官合作。然而，在军事事务上，上将和战争委员会仍然拥有至高无上的权威。在军事议会中，奥利弗·克伦威尔是精神领袖。对手们称奥利弗·克伦威尔中将为“移动的原动力”和驱动整个机器的“核心”。在奥利弗·克伦威尔的影响下，官兵服从指挥，纪律迅速恢复。几周后，军队的真正领导权就回到战争委员会手中，而军事议会则沦为一个辩论协会。毫无疑问，这是奥利弗·克伦威尔的杰作。1647年7月，约翰·利尔伯恩控诉道：“您用您的精明狡猾和多变的伎俩让诚实而勇敢的鼓动者们将他们所有的权力和威信拱手相让，交到了一个叫作战争委员会的机构手里。”
军队从纽马克特向伦敦挺进。议会答应支付所有欠饷并取消在这之前的攻击性声明。但士兵们现在需要的不仅是满足过去的要求，还需要对未来的保障。他们坚持要求将长老派领袖排除在外，并要求在国家组建方案上发表意见。他们给伦敦写了一封信，解释了他们态度的转变。虽然这封信上有所有高级官员的签名，但很可能出自奥利弗·克伦威尔之手。
我们作为士兵的利益不能被剥夺，虽然这是满怀恶意的敌人希望看到的。作为英格兰的一分子，我们希望议会通过投票表决和公开宣言的方式和平组建王国，解放所有臣民。在我们拿起武器前，议会正是用这种方式说服我们的亲密战友参战，而他们其中一些人已经在这场战争中丧生。在上帝的庇佑下，战争已经结束。我们认为我们有权要求看到一个满意的解决方案，也有权要求得到欠饷，维护我们的共同利益。这是我们一直以来的诉求。
被囚在霍尔姆比城堡期间的查理一世
查理一世和委员们被科内特·乔伊斯包围
奥利弗·克伦威尔声称，军队既不希望发动政治革命，也不希望进行教会革命。但他重申了对宽容的诉求：
我们以前说过，现在再次表态：我们不希望改变民事政府。我们不愿意中断，至少不愿意干涉长老会组织的建立。我们也不想将慰藉良心当作借口，为放纵的自由大开方便之门。我们一如既往地表示，一旦国家制定了解决方案，除了服从接受，我们绝无二话。我们只是希望每一个善良的公民，每一个言行合法并有益于国家的人，都能获得自由和鼓励。这符合所有国家的良性政策，甚至进一步说，符合正义。
对奥利弗·克伦威尔来说，获得良心自由显然比改革教会或改革宪法更重要。制定军队政治纲领的任务落在了他的女婿亨利·艾尔顿身上。在宪法改革的问题上，亨利·艾尔顿的看法比奥利弗·克伦威尔的更明确。1647年6月14日，亨利·艾尔顿在军队宣言中宣称，专断权力是万恶之源。对待议会的绝对权力与对待国王的绝对权力一样，都应该时刻保持警惕，杜绝独裁的发生，议会特权可能会像王室特权一样对民众自由造成危害。确保人民权利的方法是使议会具有真正的代表性。接着，亨利·艾尔顿要求迅速终结现有议会，平等对待各选区，定期召开短期议会，确保请愿权的合法性。
长期议会不愿意接受这样的民主变革，但又不得不妥协。有消息称锡德南·波因茨上将率领的北方军有一万人即将叛变，加入托马斯·费尔法克斯爵士的部队。十一名被军队弹劾的长老派领袖主动请辞，保住了下议院的尊严。1647年7月1日，双方在威康比展开谈判。经过两个星期的斡旋，鼓动者们对拖延表示不满，强烈要求立即向伦敦进军，实现他们的要求。奥利弗·克伦威尔和高级军官提出反对。奥利弗·克伦威尔说：“只有从协约中得到的东西才是固定而持久的，而成果也将流传后世。”在下议院，军队的支持者的地位日益牢固。
我们双方以自由的方式获得的将是以武力方式获得的两倍，而这收益也将切切实实地属于我们和我们的子孙后代……在我眼中，你们用武力夺得的东西毫无意义。我认为无须使用武力，除非我们别无他法来争取国家利益。
奥利弗·克伦威尔认为，为确保条约严肃有效，有必要做出某些让步，通过谈判确定政治解决方案的具体条款。最重要的是，军队必须团结起来。“可能你是对的，我是错的。但如果我们分裂，我们都是错的。”
奥利弗·克伦威尔的意见被采纳了。长期议会做出让步，军队也取消了所有武装抵抗的准备工作。议会任命托马斯·费尔法克斯爵士为英格兰所有军队的总司令，统治包括锡德南·波因茨上将手下的军队，解散了所有为对抗托马斯·费尔法克斯爵士而被征召入伍的士兵，并将伦敦民兵的控制权交还原来军队信任的委员会，取代1647年春天刚任命的委员会。1647年委员会的成员都是长老会成员。然而，尽管议会认为有必要让步，但伦敦方面不这么认为。1647年7月21日，伦敦民众签署了一份协议，要求继续维持《神圣盟约》并按照查理一世的条件恢复王位，但两院联合通告废除了这一协议。1647年7月26日，成群的学徒和退伍士兵包围了议会，以暴力威胁议员，要求将伦敦的武装指挥权交还给长老派。上议院首先屈服。下议院抵抗了几个小时，最后也服从了暴徒的命令，撤销了之前的废除通告。暴徒们还强迫他们通过了一项投票，邀请查理一世前往伦敦。随后，两院一直休会到1647年7月30日。但在议会重新开会之前，两院的议长带领八名上议院议员和五十七名下议院议员前往军队避难，宣布议会已经被胁迫。军队即刻向伦敦挺进，立誓要恢复议会自由。长老派开始备战，将伦敦的军队交给爱德华·梅西上校指挥。十一名被弹劾的长老派领袖重回议会任职，联合指导此次行动，并组建了一个安全委员会。然而，要与纳斯比老兵对抗，伦敦民兵和没有经过训练的志愿者必将毫无胜算。对此，就连伦敦的狂热暴民也心知肚明。当托马斯·费尔法克斯爵士带着两万人马来到豪恩斯洛时，他们的勇气已经荡然无存。
当人群聚集在市政厅外时，伦敦长老们正在考虑是开战还是投降。“一有哨兵进来报告军队暂停前进或者其他消息时，他们就喜极而泣道：‘决一死战！’但如果哨兵说军队正在逼近，他们哭叫着说：‘谈判，谈判，谈判！’”1647年8月4日，伦敦无条件投降。1647年8月6日，军队护送逃亡的议员回到威斯敏斯特，穿过伦敦。鼓动者们强烈要求清洗下议院，驱逐议长缺席时仍然出席议会的所有议员，但奥利弗·克伦威尔和军官们只要求议会宣布过去十天的议程无效。而就连这一点也是凭借奥利弗·克伦威尔威胁要使用武力，并在海德公园集结了一个骑兵团以增加威慑力才得以实现的。因为虽然长老派领袖已经逃往欧洲大陆，但长老派在议会中仍然占多数。
军队现在寄希望于查理一世而不是议会。在向伦敦进军期间，军队发表了《大倡议书》，提议“明确保障查理一世的权利，实现公正持久的和平”。和《纽卡斯尔倡议》一样，《大倡议书》也要求在今后十年里应该由议会控制民兵和任命国家官员，但这次倡议对查理一世的政党更宽容。在一段时间内，保王派将不能在政府任职，但对他们的罚款也将减少，而赦免范围扩大，大赦机会增加。除了这些临时的安全措施，军队还将对宪法做三次永久性的修正。宗教的解决方案将以宽容为基本原则，而不再强制推行长老会教义，不仅不会强迫人们接受《神圣盟约》，而且将剥夺主教和教会官员的所有强制权，废除强制做礼拜和使用《祈祷书》的条款。未来将设立国务委员会，限制王权。国务委员会将与查理一世共同控制军队和外交事务。议会每两年举行一次会议，每次会议有固定的会期，议员也将由更平等的选区选举产生，而现有的议会将在一年内终止。
亨利·艾尔顿是这些建议的主要起草者，但奥利弗·克伦威尔同样渴望军队和查理一世达成协议。奥利弗·克伦威尔对查理一世的一名特使说：
无论世人如何评价军队，他们都不是探索者教派。他们只希望能够保持良心，自由地尽臣民的本分。他们认为只有查理一世重回王位，他们才能安居乐业。
查理一世对《大倡议书》初稿提出反对。奥利弗·克伦威尔和亨利·艾尔顿说服军事议会降低要求，并对最终公布的计划进行了重大修改。如果查理一世接受了这个倡议，军队领导人保证不会要求任何更多的让步。他们还保证，如果在查理一世接受倡议后议会仍然拒绝批准，他们就会将反对者清除出议会，“直到议会学会以恰当的脾气对待陛下的事务”。
这是军官之间的谈话，但他们并没有将主要对象考虑进去。查理一世很快就证实了这一点。查理一世无意满足军队的要求，也不愿意对王权进行永久的限制。查理一世认为可以利用军队和议会之间的争端，强迫双方接受自己的主张。查理一世坦率地承认了这一点。《大倡议书》首次提交给他时，他对军官们说：“你们不能没有我。如果我不支持你们，你们会一败涂地。”亨利·艾尔顿回答道：“先生，您打算在议会和我们之间当仲裁者，而我们也打算在陛下和议会之间当仲裁者。”还有一次，面对亨利·艾尔顿的规劝，查理一世挑衅说：“这个游戏我想怎么玩就怎么玩。”亨利·艾尔顿回答说：“如果陛下有游戏要玩，您就必须允许我们玩我们的游戏。”
双方无法达成协议。查理一世坚持自己的策略，在议会和军方之间挑拨离间。查理一世相信自己的外交手腕将确保自己取得最终胜利。1647年9月，议会再次向查理一世提出《纽卡斯尔倡议》。查理一世回答说，军队的《大倡议书》为持久和平提供了更好的基础，并要求签订个人条约。由亨利·马滕和托马斯·雷恩巴勒上校领导的独立派的先进党，敦促议会不必征求查理一世意见，即刻着手解决王国问题。他们将查理一世比作亚哈。上帝让亚哈冷酷无情。他们还将查理一世比作约拿。如果国家的船要安全入港，就必须将查理一世扔进海里。在亨利·艾尔顿和亨利·韦恩爵士的支持下，奥利弗·克伦威尔赞成向查理一世提出新的提议。下议院以八十四票对三十四票决定起草新的提案。奥利弗·克伦威尔认为，恢复君主制是避免无政府状态的唯一途径。在这之前，一个军官公然宣称如今英格兰除了刀剑没有其他的权威。这个军官因此被开除出军事议会。奥利弗·克伦威尔警告议会，士兵中认为刀剑应该统治一切的思想正在蔓延。奥利弗·克伦威尔认为与查理一世达成协议已经迫在眉睫。显然，说服议会缩减诉求是奥利弗·克伦威尔力所不及的事。在重新起草的新条款中，议会无意做出任何让步。和以前的条款一样，议会将所有的保王派领导人排除在赦免范围之外，并仍然坚持无限期建立长老会教会。议会不仅拒绝宽容天主教教徒，也拒绝宽容所有使用礼拜仪式者。奥利弗·克伦威尔试图将长老教会的时间限制在三到七年，但以失败告终。议会像查理一世一样不切实际，毫无结果地讨论着无法达成一致的提议。而这时，军队中的民主运动蓬勃发展，一场新的革命正威胁着英格兰。
托马斯·雷恩巴勒上校
奥利弗·克伦威尔与查理一世的会面
与查理一世谈判、发表赞成君主制的演讲、修改军队提交给查理一世的法案、试图中和议会提出的法案，如此种种让奥利弗·克伦威尔备受质疑。查理一世并不信任奥利弗·克伦威尔和亨利·艾尔顿，因为他们没有出于个人利益向查理一世提过任何要求。如今他们却被千夫所指，被指责为了个人晋升私下与查理一世达成交易。有传言说奥利弗·克伦威尔将被任命为埃塞克斯伯爵，这正是他那著名亲戚的头衔。传言还说他将成为国王卫队队长和嘉德骑士，而亨利·艾尔顿将被任命为爱尔兰总督。保王派散布这些传言是为了在奥利弗·克伦威尔和军队之间制造分裂。士兵们的责难果然扑面而来，因为他们害怕君主制的复辟。“平等派”————极端激进分子的通俗称谓————四处散发宣传小册子，影射军队领导人是背信弃义的两面派。他们有时将奥利弗·克伦威尔描述成老实人，只是被野心勃勃的亨利·艾尔顿引入了歧路，有时他们二人被认为是沆瀣一气的同盟，而他们偶尔的意见分歧只不过是向世人扔的烟雾弹。平等派对奥利弗·克伦威尔的呼吁带着一丝惊诧和悲伤。约翰·威德曼写道：“啊！我曾经非常尊敬的奥利弗·克伦威尔，您的胸膛————曾经是自由的港湾————竟能容下国王条款这样一个恶魔吗？”虽然约翰·威德曼希望“唤醒奥利弗·克伦威尔的良知”，约翰·利尔伯恩也承认他还没完全放弃对奥利弗·克伦威尔的良好印象，却威胁说要再观察三个月。如果没有改善，就不再对他抱有任何不切实际的幻想。
嘉德骑士的印章
约翰·威德曼
这些攻击动摇了士兵们对军队首领的信任，不满的星星之火被扇成烈焰之势。鼓动者们一度热切希望与查理一世达成协议，现在却要求立即终止与查理一世的谈判。他们说，军队应该将建立国家的权力掌握在自己手中，因为他们的将军和议会都无法完成这个任务。1647年10月，由于认为原代表过于中庸，五个骑兵团开除原代表，选出新代表，向托马斯·费尔法克斯爵士提出了新要求。
新要求提出，现有的议会将在一年内解散，今后将每两年选举一届议会，各选区选举权平等，男子都有选举权。虽然他们对查理一世或上议院只字未提，但这两者被废除是必然的。宪法草案附带了一项宣言，主张良心自由、免于压迫、法律面前人人平等，并提出这是每一个英格兰人的固有权利，议会和政府都无权削弱或剥夺。军官们在这之前提出建立更有限的君主制————对旧宪法进行调整以适应内战开创的新局面。士兵们则要求建立一个以书面宪法为基础的民主共和国，而宪法的制定要适应英格兰政治局面中新涌现的抽象原则。
士兵们将这个计划称为《人民公约》。为了得到认同，他们认为应当立即提交给国民。由于直接向国民发出呼吁，国民将成为所有政治权力的唯一合法来源，从而将议会搁置一边。奥利弗·克伦威尔和亨利·艾尔顿提出反对。他们说，在最近向全国发表的宣言中，已经与军队有了某些约定，现在必须兑现承诺。他们宣称，除非这些公开的承诺得到履行，否则他们将卸下职务，不再与军队一起行动。他们同样强烈反对《人民公约》包含的一些原则和将这些原则强加给国民的做法。奥利弗·克伦威尔说：“这个协定对建国以来一直持续的政府形式做出巨大的改变。这样的改变会有什么后果？即使不考虑其他，明智而虔诚的人也应该仔细掂量这一点。”士兵们提议的宪法包含了许多华而不实、似是而非的内容，还有许多内容值得商榷。当这边辩论不休的时候，其他党派也可能会提出其他同样合理的方案。
“这不是一个两个问题，而是许许多多类似的问题。如果是这样，你们认为后果会如何？难道不会造成困惑吗？这难道不是彻底的混乱吗？这不会让英格兰像瑞士一样，一个瑞士州对抗另一个州，一个英格兰郡对抗另一个郡吗？除了制造一片废墟，还会给国家带来什么？”他最后说：“你们好好回答。每个诚实的人是否都应该认真考虑这一点？”
此外，不仅要考虑后果，还要考虑达成结果的方法和手段。即使这可能是英格兰人民能拥有的最好的宪法，但实现过程中的重重困难也是障碍所在。奥利弗·克伦威尔说：
“我知道人可以用信念来解决所有的难题，但只有真正的信念才能应对所有困难。我们很容易将或许只是世俗的想象和推理的部分误以为是信仰。”信仰可以移山，“但请允许我提醒你们，在这条路上会有高耸的山脉”。
托马斯·恩巴伯勒上校是民主党军官中的领袖。奥利弗·克伦威尔提到的困难引起了他的注意。托马斯·恩巴伯勒上校叫道：
如果我们曾经惧怕过困难，我不知道当我们面对敌人的时候应该惧怕什么！让困难包围着您吧！即使您前面是死亡，三面环海，只要您确信这是正义的，我认为您就会勇往直前。我相信直到生命的最后一天，您会在上帝面前问心无愧地回答，您做到了。身受上帝和王国的恩惠，却拒绝为之效劳，可不是一名虔诚的子民。
奥利弗·克伦威尔平静而不失尊严地回答道：
或许我们所有人都尽了自己的本分，不惧任何困难。我希望从现在起，我们仍然会这样做。我认为这里的任何人都无须额外的勇气。一个诚实的人，一个真正的英格兰人都会这么做。但我们需要的是敬畏上帝，而不是仅凭肉体的力量解决问题的人。我们将执行上帝的旨意作为一切行动的基础。
当讨论《人民公约》的细节时，男子选举权的问题引发了最激烈的辩论。托马斯·恩巴伯勒上校说，“每个在英格兰出生的人，王国里每一个贫民，每一个最卑微的人”，都应该有权选择让谁为他的生死制定法律。这是一项自然权利，是每个英格兰人与生俱来的权利，也是士兵们不惜流血牺牲去争取的自由的一部分。一个士兵说：“既然我们为它拿起武器，就毋庸置疑要将之保卫到底。”
亨利·艾尔顿回应说，将投票权赋予那些在这个国家里一无所有的人会给自由和财产造成威胁。他认为，从逻辑上讲，自然权利的理论不仅意味着对政治权力的主张，也意味着对财产的主张。奥利弗·克伦威尔虽然认为普选“确实倾向于无政府状态”，但也完全摒弃了抽象原则，表示可以考虑合理扩大公民权。
接下来是关于查理一世和贵族问题的争论。奥利弗·克伦威尔否认在这之前对他的一切指控，声称没有与查理一世和上议院达成任何私人协议，并表示如果查理一世和上议院的存在与国家的安全不相容，他也不会刻意争取保留任何一方。军事议会中的民主党认为，必须废除君主制和上议院，无论以任何形式保留它们都很危险。奥利弗·克伦威尔认为，考虑到军队之前的公开承诺，现在军队无论是废除还是摒弃国王和上议院，既不公正也不诚实。因此，在不损害公众利益的前提下，他希望能保留国王和上议院。一些人大胆宣称，国王和贵族的权力是上帝要摧毁的巴比伦的一部分。这些人主张用个人信念作为上天的启示。奥利弗·克伦威尔对这种“想象的启示”提出警告。奥利弗·克伦威尔说，和他们一样，他相信《圣经》中的预言必将实现。“和其他人一样，我在等待主的启示。根据主的许诺，伟大的事业将在未来完成。我相信，主的许诺已经开始应验了。”同时，对于那些认为上帝会推翻国王和贵族的人，他也愿意表示赞同。然而，在上帝的心意还不明确时，他们不能将“上帝的旨意”作为行事法则。他们不能说：“这是上帝的旨意，我们必须遵行。”如果上帝的旨意就是要摧毁国王和贵族的权力，那么上帝完全可以做到不让军队因为失信而蒙羞。他们暂且各司其职，静心等待上帝的指示。“当然，上帝要我们做的事，他也不希望我们拒绝。”
当人们争论这些问题时，托马斯·费尔法克斯爵士要么缺席，要么沉默。亨利·艾尔顿擅长辩论，深谙宪法和政治理论，这使他成为高级军官的代言人。虽然亨利·艾尔顿熟知相关原则，逻辑思维能力强，说话清晰有力，但他太教条主义，不懂折中，因而无法说服对手。奥利弗·克伦威尔的辩论技巧和表达能力远逊于亨利·艾尔顿，但他的演讲更有效。奥利弗·克伦威尔的演讲与众不同之处在于他一贯的中庸和明智。即使是与他针锋相对的空想者和煽动者也不得不承认这一点。宗教和政治法则都不能让奥利弗·克伦威尔对事实视而不见。奥利弗·克伦威尔坦率承认，为人民谋福利应该是政府的最终目的，也承认一切政治权力都应该得到人民的合理授权，但他否认民主党人的结论，即共和国应该是英格兰唯一的合法政府。辩论伊始，奥利弗·克伦威尔就规定：在提出任何重要的政治变革时，首先需要考虑“这是否符合国民的精神和气质”。出于这个原因，奥利弗·克伦威尔宣布对君主制的偏爱。“对任何国家的政府来说，人民的感情才是需要关心的。我发现目前这个形式正好能不违背我的良心。”在奥利弗·克伦威尔看来，与人民的接受度相比，具体是什么样的政府组织形式已经无关紧要了。奥利弗·克伦威尔呼吁道，想想犹太人的例子吧。他们先后由族长、法官和国王统治，而无论在何种形势下，他们都感到幸福和满足。此外，还有比国家的世俗政府更重要的东西。即使你将政府变成尽可能最好的政府，“这不过是道德层面的事”。奥利弗·克伦威尔的意思是，宗教自由更重要。“正如保罗所说，与基督相比，政府的组织形式不过是渣滓和粪土。”那么他们为什么还要为了暂时的形式而大打出手呢？如果王国里的每个人都各持己见，为实现各自认为的政府的最佳组织形式而争斗不休，“我认为国家将会变成一片废墟”。
奥利弗·克伦威尔观点的背后是对避免一场新的内战的渴望和对无政府状态的担忧。现在，奥利弗·克伦威尔下定决心要制止士兵的目无法纪并最大限度地限制军队的政治行动。奥利弗·克伦威尔宣称，如果不服从军官号令，军队将不复存在。任何个人————如那些军队随意选出的代理人————竟自告奋勇发号施令，召集一个连队甚至一个兵团集合，这是绝对不被容忍的。“这样必然会摧毁军队和所有军人。我曾经听保王派说，如果给我们足够的绳子，我们会将自己吊死。”士兵们必须服从军官，而军官必须服从议会的决定。军队应该让议会决定什么样的政府最适合这个国家，而他们自己只负责要求议会公平选举、按时召开、适时解散即可。既然军队需要民事当局的支持，就必须保证议会的权威。奥利弗·克伦威尔补充说，就他自己而言，他会抓住任何东西，“只要它是权威”，总好过什么都没有。
军事议会的斗争持续了近两个星期，最终，奥利弗·克伦威尔获胜。《人民公约》转化为一系列交给议会的提案，而不是作为必须接受的宪法强加给人民和议会。对普选的诉求变成对扩展选举权的诉求。君主制和上议院不会被完全推翻，但从今以后，他们的权力将受到限制，隶属于下议院。旧宪法得到保留和修改，不会被全新的宪法取代。
然而，这个时候，即使是那些急于保留君主制的军官也开始怀疑是否有必要保留国王。在过去的几个星期里，同查理一世的谈判完全中断，因此他们普遍怀疑查理一世的诚意。众所周知，查理一世正和苏格兰议会最近派来的专员密谋。英格兰议会准备向查理一世提出的建议不会有什么结果。现在被称为平等派的民主党不仅要求查理一世下台，而且要求惩罚查理一世。1647年11月11日，托马斯·哈里森上校在军事议会的一个委员会中谴责国王身负血债，应该对他进行审判。奥利弗·克伦威尔回应说，在某些情况下，出于谨慎的考虑，流血事件的制造者可以免于惩罚。例如，约押杀了押尼珥，大卫王却免除了他应有的刑罚，“免得造成更多的流血事件，因为洗鲁雅的儿子们太过强大了”。奥利弗·克伦威尔总结道，即使查理一世确实应该遭受惩罚，司法公正的实现也是议会的责任，而不是军队的责任。总之，奥利弗·克伦威尔下定决心要保护查理一世的生命安全不受平等派的威胁。他写信给爱德华·威利少校说：“我希望你能加强卫队。一旦这样的事情发生，那将是最可怕的事件。”
托马斯·哈里森上校
就在当天晚上，查理一世从爱德华·威利少校手中逃出汉普顿宫。1647年11月15日，有消息称查理一世已抵达怀特岛的卡里斯布鲁克城堡。当时的时事评论者和回忆录作者经常提到这样一种观点，说奥利弗·克伦威尔将查理一世吓得从汉普顿宫逃走是为了推行自己野心勃勃的计划。下面是安德鲁·马维尔表达类似观点的著名诗篇：
轻微的恐惧缠绕着希望
他编织了这样一张网，
似乎查理一世自己要逃到
卡里斯布鲁克的小岛，
从此诞生了王室的演员
将悲惨的断头台装点。
汉普顿宫
查理一世已抵达怀特岛的卡里斯布鲁克城堡
然而，没有证据能支撑这个观点。从长远来看，查理一世的出逃是他被废黜和处死的原因之一，也是奥利弗·克伦威尔登上权力顶峰的原因之一。但这时查理一世的逃亡给奥利弗·克伦威尔又增添了一大难题，也给政府带来了更多风险。在汉普顿宫，查理一世在爱德华·威利少校的手中更保险。爱德华·威利少校是奥利弗·克伦威尔的妹夫，肯定会服从他的命令。在卡里斯布鲁克，查理一世在罗伯特·哈蒙德上校手中。虽然罗伯特·哈蒙德上校娶了约翰·汉普登的女儿，与奥利弗·克伦威尔确实有点儿亲戚关系，但在查理一世呼吁他效忠时，面对这个“巨大诱惑”他会如何表现，奥利弗·克伦威尔难以确定。奥利弗·克伦威尔写给罗伯特·哈蒙德上校的信证明了这一点。在接下来的六个星期，罗伯特·哈蒙德上校究竟是会服从托马斯·费尔法克斯爵士和议会，还是会允许查理一世自由行动，局势一直不明朗。
查理一世出逃的真正原因是他与苏格兰议会间达成了秘密协议。1647年10月，苏格兰议会向查理一世承诺，如果他在宗教问题上做出令人满意的让步，苏格兰将协助他夺回王位。但要完成这桩交易，有一点至关重要，那就是查理一世应该从军队手中逃脱，从而以自由身份拟定计划。1647年11月月初，他们就拟定了查理一世的出逃计划。苏格兰人敦促查理一世到伯威克避难。他曾经考虑过泽西岛，但最终还是选择留在英格兰。最后，因为一个随从说罗伯特·哈蒙德上校内心深处是支持查理一世的，查理一世决定前往怀特岛。查理一世认为，一旦在怀特岛上安全了，就可以与议会、苏格兰人及军官们谈判，并接受出价最高者提出的条件。而即使谈判失败，逃往法兰西也不难。
六个月以来，查理一世成功地利用议会对抗军队，又利用军队对抗议会，结果是双方都对他完全不信任。查理一世逃离汉普顿宫的行为反而使双方联合起来反对他。查理一世对军队的分裂寄望过高。在查理一世到达卡里斯布鲁克时，奥利弗·克伦威尔和托马斯·费尔法克斯爵士使军队重新恢复秩序。1647年11月8日，奥利弗·克伦威尔发起一项投票，决定暂时中止军事议会，将鼓动者和军官们送回各自的兵团。一周后，托马斯·费尔法克斯爵士在军队举行大阅兵，将军队分为三个旅，分驻在三个不同的地方。在对三个旅的分别检阅中，他向士兵庄严承诺，会站在他们的立场上确保军队的不满得到补偿并进行议会改革。而作为回报，士兵签署承诺书，保证服从上将和军事议会的命令。1647年11月15日，在韦尔附近举行的第一次军事检阅中，出现了一些反对意见。平等派试图将阅兵变成一场支持《人民公约》的大规模示威。有两个兵团未经召集，头戴“人民公约”的帽子赶来，口号是“英格兰的自由，士兵的权利”。他们赶走了自己的军官，呼吁其他兵团紧随其后，并计划抓捕奥利弗·克伦威尔，宣布他为人民事业的叛徒。然而，当奥利弗·克伦威尔骑马走向反叛分子时，没有人敢出手。“奥利弗·克伦威尔中将手中只拿着剑。他的到来吓退了戴着口号帽子的士兵。士兵们将口号标语摘了下来，俯首听命。”一名士兵受到审判，并被当场射杀。而其他一些人，包括几名军官，则留待未来军事法庭的审判。1647年11月19日，奥利弗·克伦威尔向议会报告说军队已恢复平静，随时待命。下议院向他表示了感谢。
与此同时，查理一世从怀特岛向议会传达信息，提出各项让步，并要求在伦敦签署个人条约。查理一世一并向军队领导人提出申请，敦促他们支持他的要求。对此，军队领导人冷冷地回答说，他们是议会的军队，必须将这些问题提交给议会。议会同样不信任查理一世，起草了一份最后通牒回应他的提议。最后，通牒由四项法案组成，查理一世必须同意这四项法案才能启动任何条约的谈判。议会的主要要求是在以后的二十年中由议会直接控制民兵，而二十年后议会依然有权控制民兵。其他宪法问题可以留待讨论，但他们必须确保国王绝不使用武力将自己的意志强加给国民。在这样的要求下，查理一世走投无路，再次向苏格兰议会专员求助。他们现在已经抵达卡里斯布鲁克。查理一世发现苏格兰议会专员已经准备牺牲英格兰人的自由。1647年12月27日，苏格兰议会专员答应帮查理一世恢复所有的国王权力，而作为回报，查理一世需要在英格兰建立三年的长老会教会，严厉镇压独立派人士和其他异教徒，从而保障苏格兰王国和苏格兰贵族的某些特权。如果英格兰议会拒绝解散军队，拒绝与查理一世在伦敦签订条约，苏格兰军队将越过边界，帮助查理一世重登王位。这个名叫《协约》的秘密条约被用铅包裹着埋在城堡花园里，等待着可以安全偷运出怀特岛的时机。1647年12月28日，查理一世断然拒绝英格兰议会的最后通牒，准备逃往欧洲大陆。
然而，已经太迟了。查理一世一做出回复，卫队就加倍警戒，将他紧密监视起来。上下两院都非常清楚，查理一世之所以拒绝他们开出的条件，必然是由于与苏格兰人达成了某种协议，尽管他们还不清楚这份协议的确切内容。奥利弗·克伦威尔在给罗伯特·哈蒙德上校的信中写道：
上议院对最近查理一世和邻国兄弟们的行为非常敏感。如果您发现有什么欺瞒，应该尽力查清并告知我们。在这非常时刻，澄清查理一世与邻国的密谋将对局势发展起到至关重要的作用。我希望我们在处理与他们相关的事务时能避开危险。
1648年1月3日，下议院投票决定不再向查理一世发表任何讲话，也不再接收查理一世传话。1647年9月，亨利·马滕曾经提出这个决议，但遭到奥利弗·克伦威尔和亨利·艾尔顿反对。但现在这两人衷心地表示支持。奥利弗·克伦威尔说：“如今由议会管理和保卫王国已经是众望所归。对一个上帝已使其冥顽不化的人，我们不能再教导民众指望他来保障我们的安全和管理我们的政府。”奥利弗·克伦威尔补充道，在这样一个政策下，军方将与议会一起共同面对所有反对者。但如果议会忽视了自身和国家的安全，军方将被迫寻求其他方式保护自己。
一系列的事件终于迫使奥利弗·克伦威尔提议彻底抛弃查理一世，而这恰恰是他长期以来坚决反对的。然而，尽管已确信查理一世不可信，但他也并不准备放弃君主制。1648年年初，在一个关于政府组织形式的会议上，“共和派”，即共和党人，要求立即建立一个自由的共和国并审判查理一世。埃德蒙·勒德洛非常不满地指出，奥利弗·克伦威尔和他的朋友们“一直态度含糊，不愿意宣布是支持君主政体、贵族政体还是民主政体。他们坚持认为任何一种政体都有各自的优势，都对我们有利，只需要等着天意指示就行”。而当他私下要求奥利弗·克伦威尔提出反对共和制的理由时，奥利弗·克伦威尔回答说，虽然他相信共和制的建议有其可取之处，但并不可行。有证据表明，1648年春天，独立派领袖们曾经讨论推翻查理一世的计划，准备将威尔士亲王查理或约克公爵詹姆斯推上王位。但威尔士亲王查理推辞不就，约克公爵詹姆斯也逃到了法兰西，这个计划就落空了。
奥利弗·克伦威尔一方面寻求避免新战争的折中办法，一方面努力团结议会中的所有党派，从而应对可能的新战争。军队已经开始重新集结。1647年12月，在伦敦举行的一系列军事会议上，赦免了一批因反抗军队而被逮捕的军官，而奥利弗·克伦威尔和托马斯·雷恩巴勒上校也达成了个人和解。1648年2月和3月，奥利弗·克伦威尔向伦敦长老派提出和解建议，但长老派要求必须恢复国王权威。协商以失败告终。奥利弗·克伦威尔也无法克服独立派的先进党对他的不信任和敌对情绪。1648年1月19日，约翰·利尔伯恩在上议院公开指控奥利弗·克伦威尔犯有叛国罪。然而，奥利弗·克伦威尔之所以饱受质疑，不只是因为他与查理一世的谈判。1647年，奥利弗·克伦威尔的政治态度不断变化。1647年4月，他曾经敦促军队和平解散。1647年6月，他领导了军队起义。1647年11月，他迫使军队再次服从议会。除了表面上的不一致，他对平等派和共和党人的所有重要原则都抱着无所谓的态度。对平等派和共和党人来说，共和制意味着自由，君主制意味着束缚。而对奥利弗·克伦威尔来说，两者之间的选择只是取决于环境的权宜之计。在公开会议上，奥利弗·克伦威尔宣称自己“不拘泥于任何形式的政府”。而私下里，据说他曾经坦率承认，无论通过哪种形式的政府来达到自己的目的都合法。因此，有人不能理解奥利弗·克伦威尔的机会主义，将他的行为归结为天然的自私自利、野心勃勃，并指控他虚伪和叛教，也就不足为奇了。
在这片诽谤的阴云迷雾中，奥利弗·克伦威尔坚定不移地坚持自己的道路。有时他会以直率的蔑视来回应指控者：“如果有人说我们这么做是为了我们自己，他这么想也不过是为了他自己。这不会阻碍我的方向。”有时他提到这些诽谤时，带着必胜的信心，认为最终正义会为他正名。1647年9月，奥利弗·克伦威尔写道：“虽然对不了解真实原因的人来说，目前我们的行为可能不会被他们理解，但我们相信上帝会证明我们的忠诚。除了主的荣耀和公众利益，我们别无所图。”无论是声望受损还是遭受误解和无端质疑，都不会削弱奥利弗·克伦威尔对事业的热烈追求。1648年春，奥利弗·克伦威尔在大病初愈后写道：“我知道的唯一的善事，就是热爱上帝和他可怜的臣民，为他们效力，并时刻准备与他们一起承受痛苦。发现这一切都是值得的，就是上帝给我的最大恩惠。”
奥利弗·克伦威尔的言论和行为都证明了他诚实、正直的动机。1648年3月，为了奖励他的军事贡献，议会赠予他一处地产。作为回应，奥利弗·克伦威尔提出每年从这个地产带来的一千七百英镑中捐出一千英镑，用于重新征服爱尔兰。奥利弗·克伦威尔从来没有梦想过自己会成为英格兰的统治者。然而，在这非常时刻，当命运为其野心大开方便之门时，他却开始考虑为长子迎娶一个影响力不大、地位也平平的普通乡绅的女儿。